Realizowany we współpracy z Biblioteką Narodową w Warszawie i Biblioteką Uniwersytetu Warszawskiego. Fundacja podjęła się współfinansowania prowadzonych przez Bibliotekę Narodową prac nad renowacją cennych starodruków Biblioteki Polskiej w Paryżu oraz nad utrwaleniem w postaci mikrofilmów niedostępnych w Warszawie dawnych czasopism polskich. Z racji trudności technicznych na jakie napotkała realizująca program Biblioteka Narodowa w związku z remontem Biblioteki Polskiej w Paryżu, realizacja programu została przedłużona na rok 2002 a zakres programu zmodyfikowany do mikrofilmowania cennych pozycji czasopiśmienniczych z przełomu XIX i XX w. oraz udostępnianiu ich Bibliotece Uniwersytetu Warszawskiego oraz konserwację i mikrofilmowanie zbiorów Muzeum Księży Marianów w Fawley Court w Wielkiej Brytanii. W czasie realizacji programu zmikrofilmowano i przekazano do udostępniania 56 tytułów czasopism i 272 karty katalogowe cennych i rzadko spotykanych czasopism polskich z początku XIX w. Wśród mikrofilmowanych czasopism znalazły się m.in. Przegląd Wileński, Dzień Polski, Kurier Wieczorny, Pracownik Bankowy Przegląd Poranny. Większa część prasy wybranej do mikrofilmowania w ramach programu Trzy Biblioteki nie nadawała się do udostępniania czytelnikom ze względu na zły stan zachowania oryginałów. W drugiej części programu wykonano konserwację wybranych 2125 bardzo zniszczonych dokumentów ze zbiorów Muzeum Księży Marianów w Fowley Court. Wśród nich znalazły się m.in. dokumenty wybitnych wojskowych: Stefana Czarnieckiego, generała Józefa Dąbrowskiego i księcia Józefa Poniatowskiego oraz szereg dokumentów z Powstania Styczniowego. Program został zakończony w grudniu 2002 r.